植物細(xì)胞中有三個(gè)相對(duì)獨(dú)立的基因組，即核基因組、葉綠體基因組和線粒體基因組，后兩者常被稱為細(xì)胞器基因組。RNA轉(zhuǎn)錄后加工，內(nèi)含子剪接、RNA編輯、5’和3’端成熟等在植物細(xì)胞器基因組的基因表達(dá)和調(diào)控中很常見(jiàn)。植物細(xì)胞器RNA編輯已有報(bào)道，包括無(wú)油樟（Amborella trichopoda）及鵝掌楸（Liriodendron tulipifera）的細(xì)胞器RNA編輯，但內(nèi)含子剪接及其與RNA編輯的相互作用研究較少。中國(guó)西南野生生物種質(zhì)資源庫(kù)利用PacBio Sequel平臺(tái)的三代測(cè)序技術(shù)和Illumina Hiseq平臺(tái)的二代測(cè)序技術(shù)，選擇被子植物基部類群睡蓮屬植物品種黃喬伊（Nymphaea ‘Joey Tomocik’）為研究對(duì)象，獲取了其細(xì)胞器基因組和轉(zhuǎn)錄組序列；在此基礎(chǔ)上，組裝出完整的葉綠體基因組和線粒體基因組（圖1），隨后將全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組（Iso-seq）序列分別比對(duì)到兩個(gè)細(xì)胞器基因組，并將去除核糖體RNA策略（rRNA-）建庫(kù)（未經(jīng)多聚腺苷酸富集polyA +）的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）數(shù)據(jù)（reads及Trinity組裝轉(zhuǎn)錄本）分別比對(duì)到兩個(gè)細(xì)胞器基因組，據(jù)此獲取了睡蓮屬植物細(xì)胞器基因組在轉(zhuǎn)錄后RNA加工過(guò)程（內(nèi)含子剪接及RNA編輯）的概貌。

研究基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以校正基于同源性的細(xì)胞器基因組注釋結(jié)果。該研究發(fā)現(xiàn)，GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中多數(shù)植物（包括擬南芥、水稻、無(wú)油樟等）的線粒體基因nad4-i2上下游的兩個(gè)外顯子間的邊界存在注釋錯(cuò)誤。基于轉(zhuǎn)錄本比對(duì)結(jié)果，檢測(cè)到睡蓮屬植物細(xì)胞器基因組中全部7個(gè)反式剪接內(nèi)含子（葉綠體中的rps12-i1、nad1-i1、nad1-i3、nad1-i4、nad2-i2、nad5-i2、nad5-i3）的剪接證據(jù)，以及除轉(zhuǎn)運(yùn)RNA基因中的內(nèi)含子以外的其它基因的全部順式內(nèi)含子的剪接證據(jù)。此外，該研究還檢測(cè)到線粒體基因nad4（含三個(gè)順式剪接內(nèi)含子）的全部8種可能的內(nèi)含子剪接產(chǎn)物；反式剪接和順式剪接的發(fā)生互有先后，結(jié)果表明，細(xì)胞器基因組的內(nèi)含子剪接是隨機(jī)發(fā)生的，無(wú)先后順序。

通過(guò)鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)直接比對(duì)后識(shí)別單核苷酸多態(tài)性（SNP calling），以及Trinity軟件組裝后的轉(zhuǎn)錄本比對(duì)相結(jié)合的方法，經(jīng)篩選過(guò)濾，研究獲得了睡蓮屬葉綠體基因組中98個(gè)、線粒體基因組中865個(gè)高可信的RNA編輯位點(diǎn)。比較發(fā)現(xiàn)，兩種細(xì)胞器中RNA編輯絕大部分發(fā)生在編碼區(qū)（其中以密碼子第二位及X位多），80%以上的編輯位點(diǎn)編輯效率均超過(guò)0.6，非同義編輯后氨基酸疏水性均增加，編輯位點(diǎn)上游-1位剪輯大多數(shù)為嘧啶（T和C），可以推斷植物中兩種細(xì)胞器基因組的RNA編輯可能有共同的起源和相同的機(jī)制。對(duì)比被子植物基部類群無(wú)油樟和木蘭類鵝掌楸的細(xì)胞器基因組的RNA編輯位點(diǎn)，睡蓮屬的RNA編輯位點(diǎn)數(shù)目介于二者之間，三種植物葉綠體均為ndhD基因的編輯位點(diǎn)多，線粒體均為nad4基因的編輯位點(diǎn)多。序列比對(duì)后發(fā)現(xiàn)，除部分共有的編輯位點(diǎn)外，三個(gè)物種各有其特異性的編輯位點(diǎn)，由此可見(jiàn)，被子植物早期分支的RNA編輯位點(diǎn)丟失可能是物種分化后獨(dú)立發(fā)生的。

細(xì)胞器基因組內(nèi)含子剪接和RNA編輯的互作分析發(fā)現(xiàn)，RNA編輯在內(nèi)含子和外顯子區(qū)同時(shí)發(fā)生，內(nèi)含子的RNA編輯對(duì)其自身的剪接十分重要。部分外顯子中靠近內(nèi)含子邊界的RNA編輯位點(diǎn)則會(huì)受到影響，研究檢測(cè)到內(nèi)含子上游7個(gè)外顯子和下游3個(gè)外顯子中的RNA編輯位點(diǎn)有此現(xiàn)象（距內(nèi)含子邊界在2bp到39bp之間），須內(nèi)含子剪接之后才可以被編輯，但部分外顯子中靠近內(nèi)含子邊界的編輯位點(diǎn)不受內(nèi)含子剪接與否的影響（如nad4 exon3中距離后兩個(gè)內(nèi)含子28bp和27bp的編輯位點(diǎn)）。

本文所用圖片及內(nèi)容均來(lái)源于網(wǎng)絡(luò)收集整理，僅供學(xué)習(xí)交流，版權(quán)歸原作者所有，并不代表我站觀點(diǎn)。本站將不承 擔(dān)任何法律責(zé)任，如果有侵犯到您的權(quán)利，請(qǐng)及時(shí)聯(lián)系我們刪除。

來(lái)源：生物谷

科研實(shí)驗(yàn)中，細(xì)胞的體外培養(yǎng)一直是一個(gè)重要環(huán)節(jié)。細(xì)胞要養(yǎng)好，就要用好血清，如Ausbian®特胎牛血清，它適合各種細(xì)胞培養(yǎng)，尤其適合難養(yǎng)細(xì)胞，如：干細(xì)胞、肝細(xì)胞，神經(jīng)細(xì)胞，原代培養(yǎng)、細(xì)胞融合、轉(zhuǎn)染細(xì)胞等。

Ausbian®特胎牛血清所有血清出廠，均經(jīng)過(guò)嚴(yán)格質(zhì)控，每個(gè)批次附有詳細(xì)完整的《檢測(cè)報(bào)告》，包括：品名，貨號(hào)，批號(hào)，血源地，生產(chǎn)日期，保質(zhì)期，pH值、滲透壓、血紅蛋白、總蛋白、球蛋白、IgG、內(nèi)毒素、無(wú)菌檢查（細(xì)菌、真菌、支原體）、病毒檢查（如BVD、牛腺病毒、細(xì)胞病變效應(yīng)等）、促細(xì)胞生長(zhǎng)能力、細(xì)胞毒性、BVD-1/2抗體檢查等。

實(shí)驗(yàn)人對(duì)于新批次血清，應(yīng)認(rèn)真審閱《檢測(cè)報(bào)告》，做好試用篩選步。（如何看懂《檢測(cè)報(bào)告》，可登陸“締一生物"網(wǎng)站，留言技術(shù)部，得到免費(fèi)幫助。）

它在國(guó)內(nèi)市場(chǎng)經(jīng)歷十幾年，被眾多科研工業(yè)客戶反復(fù)選擇，也是細(xì)胞典藏等重大項(xiàng)目十幾年的供應(yīng)品牌