胎牛血清是細胞研究實驗中，常用的試劑之一。在選擇胎牛血清時，盡量挑選內(nèi)毒素含量低、品質(zhì)穩(wěn)定，通過質(zhì)量檢測的產(chǎn)品。Ausbian進口胎牛血清，澳洲血源，內(nèi)毒素含量≤3EU/ml（標(biāo)準(zhǔn)≤10 EU/ml），通過嚴(yán)格的質(zhì)量檢測，并附有檢測報告。

所有多細胞系統(tǒng)的功能，都是通過細胞回路的動態(tài)和協(xié)調(diào)作用來實現(xiàn)的，這些細胞回路會根據(jù)環(huán)境信號改變它們的活動。單細胞RNA測序(scRNA-seq)提高了我們以高分辨率和高規(guī)模測量細胞狀態(tài)的能力。

然而，由于該方法的破壞性，scRNA-seq只能在實驗終點捕獲基因表達的靜態(tài)快照，從而從根本上忽略了時間維度。盡管存在這種限制，但在動態(tài)過程中多個時間點的scRNA-seq分析已經(jīng)為了解無數(shù)系統(tǒng)中發(fā)育和分化的轉(zhuǎn)錄驅(qū)動因素提供了見解。計算方法，如偽時間和RNA速度估計，在scRNA-seq實驗中通過基于基因表達相似性的軌跡對細胞進行排序，或通過分別區(qū)分剪接和未剪接的mRNA，來估計基因表達狀態(tài)的時間導(dǎo)數(shù)來推斷時間維度。雖然這些方法非常有用，但這些算法工具對用戶定義的參數(shù)很敏感，并且缺乏經(jīng)驗測量的基礎(chǔ)真理，這使得很難測試推斷的結(jié)論，特別是在多種軌跡可能共存的復(fù)雜體內(nèi)環(huán)境中。

另外，將scRNA-seq與新mRNA分子的代謝標(biāo)記相結(jié)合，可以更直接地測量基因表達隨時間的變化，并提供對病毒進入、糖皮質(zhì)激素受體激活和T細胞信號等刺激的快速細胞反應(yīng)的見解然而，代謝標(biāo)記目前適合于測量幾個小時內(nèi)展開的過程，很難應(yīng)用于體內(nèi)和跨越多天的分化過程。

在實體腫瘤中，進入腫瘤的免疫細胞受制于并參與支持免疫抑制性腫瘤微環(huán)境(immunosuppressive tumor microenvironment, TME)，其特點是代謝資源和免疫抑制性分泌因子有限。腫瘤內(nèi)的T和自然殺傷(NK)細胞從功能性細胞毒性狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)楣δ苁д{(diào)狀態(tài)，其特征是抑制受體上調(diào)，細胞毒性喪失，炎癥細胞因子分泌減少。骨髓細胞，特別是單核細胞，在TME的指導(dǎo)下分化為腫瘤相關(guān)巨噬細胞(tam)，產(chǎn)生配體和檢查點，進一步促進T和NK細胞功能障礙，如白細胞介素-10 (IL-10)和轉(zhuǎn)化生長因子β (TGF-β)。通過對多種小鼠模型和數(shù)千例患者樣本中數(shù)百萬腫瘤浸潤免疫細胞的scRNA-seq分析，全面表征了癌癥中出現(xiàn)的功能失調(diào)和免疫抑制細胞狀態(tài)。然而，盡管取得了這些進展，新滲透的免疫細胞達到這些功能失調(diào)狀態(tài)的精確軌跡，所涉及的分子電路以及它們展開的時間尺度仍然模糊不清。實時解決TME中的免疫細胞狀態(tài)轉(zhuǎn)變需要基因組方法，同時收集單個細胞中的基因表達和時間標(biāo)記-相對于相關(guān)參考框架。

科研人員開始了解功能性免疫細胞如何在浸潤TME后轉(zhuǎn)變?yōu)楣δ苁д{(diào)狀態(tài)。我們開發(fā)了zman -seq，這是一種將時間信息添加到scRNA-seq數(shù)據(jù)中的體內(nèi)技術(shù)。Zman-seq提供了相對于循環(huán)中應(yīng)用的熒光團脈沖標(biāo)簽的免疫細胞組織暴露的經(jīng)驗時間測量。使用Zman-seq，科研人員重建了膠質(zhì)母細胞瘤(GBM)的同源原位小鼠模型中免疫細胞狀態(tài)隨時間的進展，膠質(zhì)母細胞瘤是一種常見的、高度惡性和致命的腦腫瘤，具有異常的免疫抑制TME。Zman-seq解決了腫瘤中的關(guān)鍵免疫軌跡，包括細胞毒性NK細胞在約24小時內(nèi)歸巢到低細胞毒性抗腫瘤活性狀態(tài)和單核細胞到免疫抑制TAMs的進展。此外，它揭示了時間依賴性基因模塊，轉(zhuǎn)錄因子(TF)電路協(xié)調(diào)這些軌跡，以及驅(qū)動腫瘤免疫逃避的關(guān)鍵時間依賴性受體-配體相互作用事件。

研究人員發(fā)現(xiàn)Trem2 (tam的關(guān)鍵分化信號)的表達隨著單核細胞向tam的進展而增加。使用拮抗單克隆抗體阻斷TREM2，將單核細胞分化軌跡重定向到促炎巨噬細胞，表明髓細胞重編程策略可能代表一個有吸引力的免疫治療方向。總之，Zman-seq通過實驗將時間戳引入免疫細胞，揭示了大量依賴時間的轉(zhuǎn)錄組學(xué)、信號傳導(dǎo)和細胞-細胞相互作用事件。通過將時間維度引入單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，Zman-seq為建立具有廣泛適用性的體內(nèi)多細胞系統(tǒng)動態(tài)模型鋪平了道路。Zman-seq將有助于解決TME的動態(tài)，以開發(fā)下一代免疫療法。